气质联用仪GC-MS在分析检测和研究的许多领域中起着越来越重要的作用，特别是在许多有机化合物常规监测工作中成为一种重要的工具。如环保领域在检测许多有机污染物，特别是一些低浓度的有机化合物，如二噁英等的标准方法就规定用GCMS;药物研究、生产、质控以及进出口的许多环节中都要用到GCMS;工业生产许多领域如石油、食品、化工等行业都离不开GCMS;甚至竞技体育运动中，用GC-MS进行的兴奋剂检测起着越来越重要的作用。还有法庭科学中对燃烧、爆炸现场的调查，对各种案件现场的各种残留物的检测，如纤维、呕吐物、血迹等检验和鉴定，无一不用到GCMS。
气质联用仪GC-MS可为法庭科学提供了有力的证据
GCMS用于血、尿、体液或毛发中各种独（谐音）品或血、尿中挥发性有机物的控制，为疑难案件的鉴定和审定，提供了有力的证据。另外，运动员尿样中兴奋剂的检测和案件中安眠镇定药物的检测和鉴定，GCMS也是主要的手段。
1）Chiarotti等对样品的顶空固相微萃取的处理后，气质联用对47份可ka因样品中的溶剂残留进行同时定性定量的分析，提供了可ka因的全部化学特征，成为监测各种不同可ka因的有效方法。
2）建立了同时检测人血液中10种常见独（谐音）品的气相色谱-质谱新方法，并对提取溶剂及其组成配比、体系pH值、超声振荡提取时间等样品预处理条件以及色谱柱等GC-MS分析条件进行考察和优化。
3）Blanchfiowe采用甲基硼酸对克伦特罗（Clenbuterol,苯胺型β 2-兴奋剂）进行衍生，然后进行GC-MS分析，测定牛肝脏、肌肉、尿、视网膜中克伦特罗残。留，检出限肝脏、肌肉、尿为0. 05ng/g，视网膜为4.0ng/g。
